moin!
Ich verstehe es nicht ganz... Wenn es sich ausschließlich um Webserver handelt sind die Angriffszenarios überschaubar. Es gibt immer ein paar Ansatzpunkte, die man abhaken kann um was auszuschließen - und das binnen weniger Minuten bis Stunden.
Unsichere Software, wie in der Vergangenheit phpbb, php-nuke, etc. die es ermöglicht externen Code zu inkluden. Selbst wenn man dort nicht die Möglichkeit hat alles zu durchsuchen so kann man PHP recht fix 'unangenehmer' gestalten, safe-mode, open-basedir, register globals, etc.
Auch das Blocken ganzer Netze, die verdächtig sind ist eine temporäre Option.
Als Provider sollte man auch wissen welche Software auf nem Server läuft, Apache, PHP, FTP - da schaut man mal in Changelog der aktuellen Versionen (denn meist wird nicht die aktuellste Version einer Soft eingesetzt, never touch a running und so weiter). Debian z.B. hatte ein Problem mit unsicheren Schlüsseln, davon war unter anderem SSH betroffen. Ein böses Einfallstor, das aktiv genutzt wurde und wird.
Cisco hatte/hat auch hin und wieder Probleme mit dem IOS auf ihren Switchen, auch da könnte man prüfen.
Und selbst wenn alles schon zu spät ist und man als eigentlicher Admin nur noch Zuschauer ist, sind Server recht fix aufgesetzt. Virtualisierte Maschinen lassen sich wirklich fix klonen. Ja, der letzte Schritt tut weh, je nach System sogar ernsthaft. Und ja, man muss den Gang nach Canossa trotzdem gehen, den Kunden die Wahrheit verkaufen und darauf hoffen damit den Schaden zu begrenzen.
Dieter hat aber auch recht, ein Domainwechsel kann wirklich unbequem sein, bei mehreren Domains multipliziert sich das auch gerne. Da fehlen auf einmal Auth Codes für .com Domains, oder der Provider spielt auf Zeit. Letztlich einbehalten kann er die Domains allerdings nicht, egal ob noch Rechnungen offen sind oder nicht.
Aber eine Verzögerung von mehreren Wochen sind keine Seltenheit, gerade bei Providern denen die Felle davon schwimmen.

Oder bei Domains die bei der Telekom liegen - die brauchen einfach länger als andere....

Ich wüsste nicht, was ich täte - ich kann zur Not meinen Provider auch physisch gängeln (was je nach Situation eine Selbstgeisselung wäre...

).
Darauf achten, dass die selbst eingesetzte Software halbwegs sicher ist hilft auch nur bedingt. Wenn das System irgendwo kompromittierbar ist und user, bzw. root Rechte erschlichen werden können fällt man wieder unters Gutdünken des/der Angreifer.
Unbefriedigend, das Ganze...

Lars