Unterverzeichnisse... Einstellungen

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Also ich habe mich bis vor kurzem mit GoLive rumgeschlagen und war sehr überzeugt davon. Aber in dem Moment wo ich wegen Browserkompatibilitätsproblemen mit verschiedenen CSS arbeiten und ich von Hand in den Code eingreifen musste, war ich am Ende mit GoLive von Adobe. Vor allem macht das Programm so unschöne automatische Einträge im Header beim Einsatz von CSS. So sah ich mich um und bin vor ein paar Tagen auf Phase5 gestossen. Da habe ich das Projekt erstellt und die ganze Site neu aufgebaut. Habe mich da reingekniet und wirklich eine sehr steile Lernkurve erlebt. Alles fertig. Auf dem Server alles gelöscht und Up-Load...
Ach Du Schreck die Ssite geht nicht mehr, weil in den Referenzen der ganze Pfad ../../Verzeichnis... steht.
In GoLive bin ich mir gewohnt, dass ich bei grösseren Projekt mit Verzeichnissen und Unterverzeichnisse Ordnung schaffen kann. GoLive relativiert dann die ganzen Pfade auf den Ort wo die INDEX.HTML steht.
Also Rückwärts, alles wieder löschen und von GoLive wieder die alte Version hochspielen.
Kann mir jemand helfen wie ich dies richtig machen soll, dass die Pfade nach dem Upload stimmen ohne dass ich alle Dateien in einem Verzeichnis halten muss.
Ich bin sehr froh, wenn jemand mir helfen könnte. Phase5 ist wirklich Klasse, fast unverständlich dass dies gratis ist... Für den Up-Load benutze ich CuteFTP.